已经提前知道皇帝要询问宗教祭祀问题，曹思诚对这件事有所准备。
在听出皇帝对九莲观音菩萨的重视后，他当即就回应道：
“北京南京皆有真武庙，祭祀北极佑圣真君。”
“南京有天妃宫，永乐七年封为护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃。”
“这些庙宇皆由太常寺官员祭祀。”
“臣以为九莲观音菩萨祀典，当仿真武庙或天妃宫。”
这个回答，让朱由检极为满意。
大明对北极佑圣真君极为崇敬，官方祀典非常重视。天妃妈祖同样在南京有庙，列入官方祀典。
曹思诚把九莲观音菩萨的祀典和两者并列，朱由检自然很是满意。
思索之后，决定道：
“太后在人间为后，回归为菩萨后也应有天后位格，祀典要高于天妃。”
“就按真武庙的规格，由太常寺官员祭祀。”
定下祀典规格，朱由检安排曹思诚去办，写个奏疏阐明。
同时，他还对北京城的庙宇有了兴趣，询问有哪些被官方祭祀。
曹思诚不知皇帝的用意，一一列举出来：
“除了真武庙外，两京皆有都城隍庙、关公庙、太仓神庙、司马马祖先牧神庙。”
“北京另有东岳泰山庙、洪恩灵济宫、文丞相祠，一共八个庙宇祭祀。”
“南京另有天妃宫、功臣庙等，一共十五个庙宇祭祀。”
这些都是官方祭祀的正神，朱由检听着曹思诚的回复，心中暗自思索。
除了太仓神庙和司马马祖先牧神庙这两个专门的神庙外，北京南京都有的庙宇，就是真武庙、都城隍庙、关公庙——
这三个信仰，在大明最被重视，并被官方推广。
真武庙和道教关联比较大，朱由检暂时没有发现什么操作空间。但是都城隍庙和关公庙，却让他看到了机会。
尤其是都城隍庙，让他想到了后世的香火神道小说中的城隍神系。这一神系可谓大名鼎鼎，被他们构筑得非常完善。
如果能把各地城隍整合起来，组成完整的城隍神系，再找一位至高神做代表，它是有可能稳定大明信仰、抵抗一神教入侵的。
所以朱由检就问道：
“城隍神是谁管辖，最高神灵是谁？”
曹思诚回道：
“洪武二年，城隍神附祭于岳渎诸神之坛，太祖命加以封爵。”
“京都为承天鉴国司民升福明灵王，开封、临濠、太平、和州、滁州皆封为王。其余府州县城隍，封为威灵公、灵佑侯、显佑伯，衮章冕旒俱有差。”
“洪武三年诏去封号，止称其府州县城隍之神。”
“京师城隍附飨山川坛，嘉靖九年罢山川坛从祀，遣太常寺官员祭祀。”
“各地城隍，当按朝廷级别上下管理，最高为两京都城隍。”
朱由检又询问道：
“两京都城隍和各地城隍有姓名吗？”
“他们更往上的神灵是谁？”
这个就比较难回答了，曹思诚斟酌道：
“芜湖城隍庙建于吴赤乌二年，城隍神为徐盛，据称此为最早的城隍庙。”
“其余城隍有的有姓名，有的没有姓名，未能详知。”
不清楚就好，真清楚了就没有调整空间了。
想着之前在黄帝纪年上的做法，朱由检决定“沟通上天”，整理城隍神系——
这是他身为天子的权柄，谁都无法夺取。
作为上天之子，天子天然拥有册封神灵的权力，可以代表上天封神。
“国之大事，在祀在戎”，军事上的事情朱由检现在拥有多少权力不好说，祭祀上的事情，他却有很大的发言权。
所以朱由检已经打算在祭祀上发力，整理各个神系。
考虑着这件事情，朱由检又听曹思诚道：
“城隍原本从祀山川坛，如今山川坛已改为天神地祇坛。”
“五岳五镇四海四渎之神，在地坛从祀皇地祇神。”
“故而城隍之上的神灵，当为皇地祇神。”
闻言若有所思，朱由检道：
“皇地祇神，就是后土皇地祇吗？”
“道家有四御或六御之说，其中之一为承天效法后土皇地祇，是同一神灵吗？”
曹思诚道：
“承天效法厚德光大后土皇地祇，为前宋所上徽号。”
“四御或者六御之说，都是道家的牵强附会。”
“自古天地并称，称为皇天后土。”
“皇天者，皇天上帝也。旧称昊天上帝，嘉靖十七年更为皇天上帝。”
“后土者，皇地祇神也，礼如祀天。”
这是朝廷祭祀的最高神祇，官方认定的至高神。
其余三清六御、佛祖菩萨等等，并没有纳入官方祀典。甚至有儒家官员，直言“三清乃道家妄说”。
朱由检听着曹思诚的解释，对大明混乱的神系，了解逐渐加深。
此时，他已经认识到朝廷祭祀的神祇虽然有些和佛道二教有关联，却完全不是一个体系。
以皇天后土为至高神的神系，可以称为儒教神系或国祀神系。佛道二教的神系，可以称为佛教神系、道教神系。
道教神系的三清六御、大帝天尊等称呼，并不被儒家承认。例如五岳大帝，在官方祀典中只是被称为五岳之神，从祀皇地祇神。
朱由检对道家乱七八糟的三清六御、大帝天尊同样很看不惯，觉得儒家制定的皇天后土至高神比之清晰得多。
但是一个尴尬的事实是，虽然天地信仰很是广泛，老天爷更是很多人的口头禅。但是皇天上帝作为无形的天之化身，很难让信徒坚信，挡不住宗教入侵。
玉皇大帝作为人格神，让人们感觉更亲切些。并且因为宋朝曾经给玉皇大帝上徽号“太上开天执符御历含真体道昊天玉皇上帝”，导致很多人把玉皇大帝和昊天上帝混淆，认为是同一个神。
道家通过这一点，把皇天后土两大国祀神系的至高神，纳入六御之中。又把三清置于六御之前，让三清成为更高一级神祇。
这让儒家士子很是不满，直斥“三清乃道家妄说”，认为“以周柱下史李耳当其一，以人鬼列天神，矫诬甚矣”，揭道家的老底。
但是儒家又信奉“敬鬼神而远之”，根本不主动传播信仰。所以道家的三清六御说法，逐渐在世人观念中扎根。例如《封神演义》之中，三清被列在昊天上帝前面。《西游记》之中，三清也在玉皇天尊前面。
可以说，三清已经在事实上成为更高等级的神祇，位在皇天后土之上。