以丰缘联盟为为目标持续旅行的小智一行人在乘船游历各个岛屿
“我们下一站要到的地方是伊吕波三岛。”
“这是把伊岛、吕岛、波岛三个岛整合起来的称呼。”
“三座岛只有伊岛有神奇宝贝中心。”
海面上出现两只吼吼鲸，后方又出现了几个孩子分别站在猎班鱼和樱花鱼身上向伊岛前进，不过他们的关系好像并不好在海面上还一直在较劲。
伊岛神奇宝贝中心
“你好乔伊小姐。”x5
“欢迎你们来到神奇宝贝中心。”
“太美丽了，不愧是海边的乔伊小姐。”小刚说道
基拉祈用超能力把小刚扔到一边，这时听到了吵闹声
“唉，他们又来了。”
教室
“到此为止，都回到座位上去。”乔伊小姐有些生气的说道
“是刚才的那些孩子。”
“拜托你们在自己的时候安静一点。”
“这里也是教室啊。”
“我们中心同时也是所学校，伊岛、吕岛、波岛的孩子在这里上学。”
“这么说乔伊小姐同时也是老师。”
“是的，接下来大家去上游泳课吧。”
孩子们听到好都很开心
“不瞒你们说，吕岛与波岛的孩子们关系不和睦。”
“看出来他们在海面上就不和睦。”
“我们附近这一带有许多珍珠贝栖息，不知道为什么在吕岛就进化成樱花鱼，在波岛就会进化成猎斑鱼，所以双方一直在争吵，到底是樱花鱼好还是猎斑鱼好？”
“原来是这样啊。”
“他们要是能够和睦一点就好了。”
孩子们在问小田卷博士是樱花鱼好还是猎斑鱼好
“我觉得这两种神奇宝贝都不错。”在水池里的小田卷博士说道
“小田卷博士你怎么在这里？”
“我来调查珍珠贝的分支进化。”
“这位就是有名的小田卷博士？我以为他只是喜欢神奇宝贝的怪叔叔。”乔伊小姐说道
“因为小田卷博士平易近人，完全不摆架子。”
“那分支进化有查出是什么结果吗？”
“完全没有，先和他们玩一会儿吧，混熟了自然会知道他们的事。”
“小田卷博士请为孩子们上一堂课吧。”
“伤脑筋，这种事情我不行。”
“我想知道珍珠贝是怎么进化的？”
“要进化成猎斑鱼需要有深海之牙，进化成樱花鱼要有深海之鳞。”小田卷拿出这两个东西的样本并说道
小田卷博士带着小智一行五人打算先前往波岛调查，奈美子自愿带路。
奈美子带几人前往波岛的洞窟，来到一处水潭边
小田卷喝了这里的水，发现这是充满矿物质的水。
“先带一些样本回去调查吧。”小田卷接了这里的水这时听到踩水的声音，原来是一个叫菊间的小男孩。
“菊间也对猎斑鱼感兴趣？”
“谁会喜欢猎班鱼，我喜欢的是樱花鱼。”
“接下来是对樱花鱼的研究，请带我到昌岛去。”
“好的。”
菊间带一行人来到吕岛的洞窟内，小田卷同样带走了一些水奈美子也跟了过来
在神奇宝贝中心这两个孩子都很急，其实他们的兴趣正好相反。奈美子喜欢樱花鱼，菊间喜欢猎班鱼，他们也是因为不想被别人认为是不合群所以不敢说出自己的喜好。
火箭队想抓樱花鱼和猎斑鱼送给坂木，两只一组的进化形神奇宝贝，喵喵觉得坂木会很喜欢。
“但伊布8只一组的进化形不是更豪华。”小次郎抬杠道
“选择眼前的现实总比不切实际好。”喵喵反驳道
武藏下决定:“那就选择这个现实吧。”
“博士进化的秘密是什么？”
“两个洞窟的水都是从深海里涌出来的，波岛洞窟里的水有深海之牙的成份，吕岛洞窟里的水有深海之鳞的成份。”
“那两边的洞窟里都分别有深海之牙和深海之鳞喽。”
“那就现在去看看。”
火箭队出场想用大网子抓住樱花鱼和猎斑鱼，但被小智的铁螯龙虾阻止
小智下令道:“铁螯龙虾用破坏光线。”一道有耀眼光芒且骇人的光线从钳子发射而出打炸了火箭队的鲤鱼王潜水艇并将他们击飞了。
小智一行人分别在波岛和吕岛的洞窟里找到了深海之牙和深海之鳞，直接佩戴并没有让他们的珍珠贝进化先将他们传回神奇宝贝中心，在放出来的时候进化了。
“看来佩戴道具是只是第一步，第二步是通讯交换。”
“搞不好是这样神奇宝贝还是有很多的秘密。”
“先把它放到水池里游泳吧。”
樱花鱼和猎斑鱼在水池里快乐的游泳，这是火箭队又出现了他们驾驶巨大的巨钳蟹机器人，想抓走樱花鱼和猎斑鱼
“过动猿就决定是你了使用真气弹。”小智扔出一颗精灵球
过动猿双手快速挥动，凝聚起一个强大的真气弹朝着巨钳蟹机器人轰去。巨钳蟹机器人伸出大钳子一挥，竟然将真气弹给拍散了。火箭队三人在里面大笑，
“小鬼头今天你的神奇宝贝可对付不了我们的巨钳蟹机器人。”
小智眉头紧皱，大喊：“过动猿，别放弃，使用火焰拳攻击它的关节部位。”过动猿大吼一声，冲向巨钳蟹机器人，双拳燃起火焰。
巨钳蟹机器人举起双钳抵挡，却被火焰拳的力量震得后退了几步。
过动猿快速移动，一下子出现在巨钳蟹机器人背后，用力一拳砸下去。巨钳蟹机器人内部电路瞬间短路，冒起黑烟。
“皮卡丘用打雷。”小智下令道，皮卡丘脸颊闪烁电光随后发射一道金黄色的雷电打炸了巨钳蟹机器人火箭队上天
“好讨厌的感觉啊。”x3
索南斯~
夕阳下小智一行人告别小田卷博士他们坐船继续旅行。