因为太后对水师之事极为关注，水师奏折皆直达御前。南海水师的联名奏折，就送到达李太后御前，太后打开奏折看见奏折里写着：
臣南海水师扬松葛、秦悦并诸管带、大副，昧死以陈。
今南海水师新舰初成，然弊窦丛生，海防危矣，臣等痛心疾首。
炮弹之供，匮乏至极。三十六门主炮，应配弹二十发，今仅得五发，且多有穿甲弗炸者。察之，竟有以沙充药之劣行，此乃军械司之罪愆。
舰中床铺，湿朽不堪，将士不得安寝，精力疲敝，何以战耶？锅炉之煤，质劣效低，致舰速与动力不足，黑烟滚滚，易为敌觉。修护之具短缺，微恙因无器无件而成大患。指南针失准，航行屡濒歧途。舆图陈旧，新域暗礁未标，若遇海情，祸不可测。
臣等虽勉力维持，然若无根本之解，新舰速朽，海防安存？望陛下明察秋毫，严惩军械司渎职之徒，拨发军需之资，以振南海水师之雄风，保海疆之安宁。
太后看到这份奏折，怒火冲天，简直像发了疯一样。她猛地一拍桌子站起来，大声斥责道：“这些玩忽职守的家伙，居然敢这么肆意妄为，把我们南海水师逼到这样危险的境地，完全不考虑海疆的安全！赶快把军械司相关的那些人都抓来，一定要狠狠惩罚，绝不轻饶！”
太后在极度愤怒之下，整个宫里的人都吓得不敢出声，就怕不小心惹到太后，让她的怒火烧到自己身上。
过了好一会儿，太后的情绪才稍微平复了一些。她坐在椅子上，眉头紧锁，思考着该如何处理这件事。
“来人，传元帅王信和内阁首辅霍明进宫，哀家要与他们商议此事。”太后说道。
不多时，王信和霍明匆匆赶来，跪地行礼。
太后说道：“你们都起来吧，看看这南海水师的奏折，简直是触目惊心！哀家命你们联合正大寺和云林寺，务必将此事彻查清楚，一个都不许放过！”
王信和霍明面面相觑，深知此事责任重大。
王信拱手道：“太后放心，卑职定当竭尽全力，不辱使命。”
霍明也说道：“太后，此事牵连甚广，恐怕需要些时日才能查个水落石出。”
太后点了点头：“哀家给你们时间，但必须尽快给哀家一个满意的结果。”
王信和霍明领旨后，立刻开始了紧锣密鼓的调查。
他们首先来到了军械司，将司长及一众官员召集起来。
王信坐在正位，脸色阴沉地说道：“南海水师之事，想必你们都已知晓。今日把你们叫来，就是要把事情查个清楚。”
司长心中有鬼，却强装镇定：“元帅，下官一直兢兢业业，不知这其中有何误会？”
王信冷哼一声：“误会？南海水师的炮弹以沙充药，这也是误会？”
司长额头冒汗：“这……这下官实在不知啊。”
霍明在一旁说道：“不知？那采购劣质煤炭和零件，你总该知道吧？”
司长支支吾吾：“这……这是下面的人办事不力。”
王信怒拍桌子：“还敢狡辩！从现在起，所有人都要如实交代，若有隐瞒，严惩不贷！”
司长颤声道：“元帅，下官……下官真的不知情啊。”
王信冷笑道：“好，那本帅就一个一个查，看看到底是谁在背后捣鬼！”
随后，王信和霍明对军械司的各级官员进行了分别审讯。
在另一间屋子里，霍明对着一名官员说道：“你若老实交代，或许还有一线生机，否则，后果你自己清楚。”
那官员犹豫再三，终于说道：“大人，这都是司长指使的，他收了商人的贿赂，让我们以次充好。而且，此事并非仅仅是军械司的问题，礼部郎中为了讨好上司，在物资调配的文书上做了手脚；户部主事在军费拨发时，故意拖延克扣；兵部员外郎对劣质军备睁一只眼闭一只眼；工部都事在验收环节收受贿赂，对不合格的物资放行。他们都参与其中，谋取私利。”
霍明眼睛一亮：“还有谁参与其中？”
官员一一供出了相关人员。
经过数日的审讯和调查，王信和霍明掌握了大量的证据。
他们再次来到太后宫中。
王信跪地说道：“太后，卑职与霍首辅已将事情查明。军械司司长贪污受贿，与不法商人勾结，致使南海水师军需物资严重劣质，其罪当诛。此外，礼部、户部、兵部、工部的二十余名官员也参与其中，罪行严重。礼部郎中为个人前程，枉顾国家利益；户部主事贪婪成性，中饱私囊；兵部员外郎玩忽职守，渎职懈怠；工部都事收受贿赂，放纵劣质军备过关。他们的行为严重损害了国家的海防安全。”
太后怒目圆睁：“这些人简直胆大包天！哀家绝不姑息！那该如何处置？”
霍明说道：“太后，依下官之见，司长及罪行最为严重的二十余人当处以极刑，以正国法。另有五十余人，应发配边疆，以示惩戒。”
太后沉思片刻，说道：“就依你所言。务必将此事处理妥当，以安军心，保我海疆。”
在对贪腐事件进行严厉惩处过后，军械司在水师事宜方面确实不敢再肆意贪腐。然而，令人意想不到的是，新军装备方面的贪腐现象却愈发猖獗，甚至到了变本加厉的程度。
得知这一情况后，太后怒不可遏。她那原本因惩治贪腐而稍显宽慰的面容，再次被愤怒所笼罩。太后深知，这样的腐败之风若不彻底根除，必将严重损害国家的军事力量，危及江山社稷的安稳。
经过深思熟虑，太后毅然决然地做出了一个重大决定：直接取消了军械司这一机构。她下令，由各军自行组建军备处，按照各自的需求自行制造所需的军器。
水师在军港里建设船厂，武器厂在内地自行开采煤矿，铁矿，新军在大本营建设装备服装厂，火药厂。何处边军自行建设枪矛，刀剑制造所。