祖孝孙,字德懋,范阳郡遒县人,隋唐时期乐律学家,民部侍郎祖崇儒的儿子。隋朝时期,凭借门荫入仕,起家协律郎、益州司法参军,迁北绛县令,授侍御史。唐朝建立后,担任着作郎、上骑都尉,历任选部郎中、天策府从事中郎、登州别驾、太常寺丞、吏部侍郎,册封范阳县男。贞观年间,累迁太常少卿。
祖孝孙,受诏与协律郎窦进等定乐,其律学着述多亡佚,部分篇章收在《音乐志》、《礼乐志》中。乐成,按隋代宫廷中钟乐的十二律,“其五钟设而不击,谓之哑钟”,经祖氏家学的律学理论与张文收的“耳决之明”相结合,才在实践中真正解决了调律和十二律旋宫的问题,自此成为唐以后历代乐律志中的千古美谈。
太常少卿祖孝孙奉命教授宫人音乐,不称太宗心意,受到责怪,侍中王珪与中书令温彦博谏道:“祖孝孙乃是高雅之士,您让他去教宫女,进而又责怪于他,臣认为与礼不和。”唐太宗大怒:“朕将你们视为心腹,你们就应竭忠对我,如今却附顺臣下欺罔君上,难道是为祖孝孙说情吗。”温彦博急忙谢罪。王珪仍道:“陛下以忠直责怪我,难道我说的话含有私心吗。这是陛下有负于我,并不是我有负于陛下。”唐太宗默然。
张文收继祖孝孙业绩,再次定乐而受颁赐之时,祖孝孙已故,除有关《音乐志》、《礼乐志》载有他的学说之大要外,所有律学着述都没能传下来。